Información que demandaba a raiz del planteamiento inicial; por si es de interés:
En el modelo 303 de IVA del cuarto trimestre, prácticamente al final del modelo, aparece una línea que se llama "regularización de la aplicación de la prorrata" en el apartado de "IVA SOPORTADO" y ahí es donde al salir un porcentaje mayor o menor de prorrata, se añade o se quita el IVA correspondiente que faltaba por añadir o restar en función de si la prorrata finalmente a salido a deducir más IVA o menor IVA como te comento.
Y además en el modelo 390 en el apartado de PRORRATAS hay que añadir en el apartado 12 el importe total de las operaciones por un lado, luego el importe de las operaciones en régimen general y después el porcentaje definitivo de prorrata.
