Por un lado tenemos el art.31 del LIRPF que nos dice que el límite es 75.000.
Pero debes atenerte a lo dispuesto en:
Disposición transitoria trigésima segunda. Límites para la aplicación del método de estimación objetiva en los ejercicios 2016, 2017 y 2018.
Para los ejercicios 2016, 2017 y 2018, las magnitudes de 150.000 y 75.000 euros a que se refiere el apartado a) de la letra b) de la norma 3.ª del apartado 1 del artículo 31 de esta Ley, quedan fijadas en 250.000 y 125.000 euros, respectivamente.
Asimismo, para dichos ejercicios, la magnitud de 150.000 euros a que se refiere la letra c) de la norma 3.ª del apartado 1 del artículo 31 de esta Ley, queda fijada en 250.000 euros.
http://www.agenciatributaria.es/AEAT.internet/Inicio/_Segmentos_/Empresas_y_profesionales/Empresarios_individuales_y_profesionales/Rendimientos_de_actividades_economicas_en_el_IRPF/Regimenes_para_determinar_el_rendimiento_de_las_actividades_economicas/Estimacion_Objetiva.shtml
Te adjunto también un link
Por otro lado nos dice la Administración lo siguiente:
Que el volumen de rendimientos íntegros en el año inmediato anterior, no supere cualquiera de los siguientes importes:
150.000 euros para el conjunto de actividades económicas, excepto las agrícolas, ganaderas y forestales. Se computarán la totalidad de las operaciones, exista o no obligación de expedir factura. Las operaciones en las que exista obligación de expedir factura cuando el destinatario sea empresario, no podrán superar 75.000 euros.
De manera transitoria para los años 2016, 2017 y 2018, según establece la disposición transitoria trigésima segunda en la Ley 35/2006, del IRPF, las magnitudes de 150.000 y 75.000 euros antes mencionadas quedan fijadas en 250.000 y 125.000 euros, respectivamente. La de 250.000 para actividades agrícolas, ganaderas y forestales no varía.
En base a toda la parrafada, nos dicen que cuando el destinatario sea empresario no podrá superar los 75mil, de manera transitoria en los años 2016, 2017 y 2018 será de 125.000, por lo tanto veo que se supera y que debería ir a EDS.
De todos modos, en este caso me acercaría a una Administración para que te aseguren el tema de facturar a Administraciones Públicas, o que la asesoría te fundamente con articulado el porque....