Hola,
En principio sí se debería.
Sin embargo, si envías un CRA en un mes en el que el empleado no estaba de alta, te dará error.
Es decir, el despido es en Abril y la conciliación en Mayo.
Como el pago se hace en Mayo, se debería enviar el CRA en Mayo. Pero SILTRA no te lo admite.
Yo en su día hablé con mi administración y me dijeron que sólo lo enviase si el mes de la conciliación coincide con un mes en el que el empleado estuviese de alta en la empresa.
SAludos,