Depende de la causa u origen de esa "deuda".
Si traen causa de una decisión de la empresa de aplicar flexibilidad de jornada art. 34.2 ET, entonces y por defecto, deben ser compensadas (trabajadas o descansadas) en el plazo de 12 meses.
Si fue una simple y mera tolerancia a efectuar una menor jornada laboral, entiendo que más que una deuda de horas, sería una liberalidad no consolidable.